Gunnar Þór Bjarnason fæddist á Ísafirði 1957. Hann varð stúdent frá Menntaskólanum í Reykjavík, lauk BA-prófi frá í sagnfræði og þýsku frá Háskóla Íslands, MA-prófi í alþjóðasamskiptum frá sama skóla og stundaði framhaldsnám í sagnfræði í Þýskalandi. Hann kenndi í mörg ár við Fjölbrautaskólann í Breiðholti og hefur lengi verið stundakennari við Háskóla Íslands.
Gunnar Þór hefur sinnt ýmsum félags- og útgáfustörfum innan sagnfræðinnar; var annar stofnenda Sagna, ritstýrði Nýrri sögu um hríð og sat í stjórn Félags sögukennara, var formaður Félags um átjándu aldar fræði í fjögur ár og sat í stjórn Sögufélags.
Gunnar Þór hlaut íslensku bókmenntaverðlaunin í flokki fræðibóka og rita almenns efnis árið 2015 fyrir bókina Þegar siðmenningin fór fjandans til. Íslendingar og stríðið mikla 1914-1918.